目前除Z65/66、Z67/68、Z107/108、Z133/134等列车外，多数经过商丘南站的列车停靠该站：

Z112/113、Z114/111次列车

Z186/187、Z188/185次列车

Z384/385、Z386/383次列车

K105/106次列车

K726/727、K728/725次列车

K1071/1072次列车

K1109/1110次列车

K1453/1454次列车